一般社団法人 日本ロジスティクスシステム学会は会長、副会長、理事並びに監事より構成され、最高決定機関である理事会の下に運営されている。

【主要役員】
名誉会長：唐澤豊（神奈川大学）
　会長　：若林敬造（日本大学）
　副会長：石原良晃（大島商船高等専門学校）
　副会長：佐藤勝尚（豊橋創造大学）
　副会長：宿元明（別府大学）
　副会長：高桑宗右ヱ門（中央大学）
　副会長：藤本隆宏（東京大学）
　顧問　：平木秀作（広島大学名誉教授）
　顧問　：北岡正敏（神奈川大学）

【設置委員会及び委員長】
　研究委員会　：薫彦文（福島大学）
　編集委員会　：石原良晃（大島商船高等専門学校）
産学交流委員会：鈴木邦成（日本大学）
　会員委員会　：鈴木邦成（日本大学）
　財務委員会　：中村塁（鈴与㈱）
　表彰委員会　：渡邊昭廣（日本大学）
　国際交流委員：竹野健夫（岩手県立大学）
学生助成委員会：中村塁（鈴与㈱）
　総務委員会　：深野宏之（深野技術士事務所）